Abgrenzung zur Homöopathie
Dr. Bach verstand seine Entdeckung als Weiterentwicklung der Homöopathie. Ihm widerstrebte es, Heilmittel aus krankem oder totem Gewebe herzustellen, was zum Teil in der Homöopathie der Fall ist (z.B. Psorinum, Tuberkulinum, Carsinosinum). Obwohl die Bach-Blüten wie die meisten homöopathischen Mittel aus hohen Verdünnungen bestehen, werden sie nicht rhythmisch hergestellt und auch nicht in vielen verschiedenen Potenzen angeboten.
Der größte Unterschied dürfte jedoch in den verschiedenartigen Anwendungsbereichen bestehen. Für homöopathische Mittel gibt es körperliche sowie psychische Indikationen, und körperliche Beschwerden stehen häufig im Vordergrund einer Behandlung. Die Wirkung der Homöopathie kann häufig im körperlichen Bereich wahrgenommen werden - manchmal als eine so genannte "Erstverschlimmerung", wie z.B. ein Hautausschlag.
Die Indikationen für Bach-Blüten finden sich ausschließlich im mental-emotionalen Bereich. Erstverschlimmerungen treten nicht auf. Eine (scheinbare) Ausnahme hiervon besteht bei dem Mittel Agrimony, das bei Angst vor schmerzlichen inneren oder äußeren Auseinandersetzungen indiziert ist. Diese Tendenz zur Verdrängung und Überspielung persönlicher Probleme führt zu künstlichem Verhalten, Unehrlichkeit, Verkrampfung und Verspannung. Ein "Agrimony-Mensch" ist bemüht, sein Leiden nicht zu zeigen und wirkt daher manchmal verkrampft. Eine Diskrepanz zwischen Innen und dem was nach Außen gezeigt wird, ist vorhanden. Wenn Agrimony verabreicht wird, kann es sein, dass das Leiden dann spürbar ist und nicht verdrängt wird, was mitunter als "Verschlimmerung" empfunden wird. Agrimony-Menschen brechen daher oft eine Bach-Blüten-Behandlung vorzeitig ab, weil sie sich dabei nicht wohl fühlen. Dass auf dem Weg zum „ganzheitlichen-gesund-werden“ manchmal das Leiden dazu gehört, wird nicht immer eingesehen.